Publications

  • International Conference Papers and Journals
    • Jun Sese, Mio Seki, and Mutsumi Fukuzaki. Mining networks with shared items. The 19th ACM International Conference on Information and Knowledge Management (CIKM 2010), pp.xx–xx, Tronto, Canada. Oct. 26-30, 2010.
    • Atsushi Ogura, Masaaki Yoshida, Mutsumi Fukuzaki, and Jun Sese. In vitro homology search array comprehensively reveals highly conserved genes and their functional characteristics in non-genome sequenced species. International Conference on Bioinformatics 2010 (InCoB 2010), pp.xx–xx, Tokyo, Japan. Sept. 26-28, 2010.
    • Natsumi Abe and Jun Sese. Constructing an Yeast phenotypic gene network using morphological inclusion relations. International Journal on Artificial Intelligence Tools, 2010 (in press).
    • Mutsumi Fukuzaki, Mio Seki, Hisashi Kashima, and Jun Sese. Finding itemset-sharing patterns in a large itemset-associated graph. The 14th Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (PAKDD 2010), pp.xx–xx, Hyderabad, India, June. 21-24, 2010.
    • Seiji Saito, Kazuki Ohno, Kanako Sugawara, Jun Sese, and Hitoshi Sakuraba. Prediction of the clinical phenotype of Fabry disease based on protein sequential and structural information. Journal of Human Genetics, 2010 (in press).
    • Masashi Sugiyama, Tsuyoshi Idé, Shinichi Nakajima, and Jun Sese. Semi-supervised local Fisher discriminant analysis for dimensionality reduction. Machine Learning, Vol. 78, No. 1–2, pp. 35–62, 2010.
    • Masashi Sugiyama, Takafumi Kanamori, Taiji Suguki, Shohei Hido, Jun Sese, Ichiro Takeuchi, and Liewi Wang. A density-ratio framework for statistical data processing. IPSJ Transactions on Computer Vision and Applications, pages 183–208, Vol. 1, 2009.
    • Natsumi Abe and Jun Sese. Constructing an Yeast Phenotypic Gene Network Using Morphological Inclusion Relations. 9th IEEE International Conference on BioInformatics and BioEngineering (BIBE2009), pages 30–37, Taichung, Taiwan, June. 22-24, 2009.
    • Takayuki Itoh, Chris Muelder, Kwan-Liu Ma, and Jun Sese. A Hybrid Space-Filling and Force-Directed Layout Method for Visualizing Multiple-Category Graphs. IEEE Pacific Visualization Symposium 2009, Beijing, China, Apr. 20-23, 2009.
    • Taiji Suzuki, Masashi Sugiyama, Takafumi Kanamori, and Jun Sese. Mutual Information Estimation Reveals Global Associations between Stimuli and Biological Process. BMC Bioinformatics 2009, 10(Suppl 1):S52. (Presented at The Seventh Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2009), Beijing, China, Jan. 13-16, 2009).
    • Mio Seki and Jun Sese. Identification of Active Biological Networks and Common Expression Conditions. 8th IEEE International Conference on BioInformatics and BioEngineering (BIBE2008), Athens, Greece, Oct. 8-10, 2008.
    • Eriko Muzutani and Jun Sese. GOMA: Web Utility for Direct Finding of Enriched Gene Ontology Terms from Gene Expression Profile. 8th IEEE International Conference on BioInformatics and BioEngineering (BIBE2008), Athens, Greece, Oct. 8-10, 2008.
    • Taiji Suzuki, Masashi Sugiyama, Jun Sese, and Takafumi Kanamori. A least-squares approach to mutual information estimation with application in variable selection. Workshop on New Challenges for Feature Selection in Data Mining and Knowledge Discoverty 2008 (FSDM2008), Antwerp, Belgium, Sep. 15, 2008.
    • Masashi Sugiyama, Tsuyoshi Ide, Shinichi Nakajima, and Jun Sese. Semi-Supervised Local Fisher Discriminant Analysis for Dimensionality Reduction. PAKDD 2008, Osaka, Japan. May 2008.
  • Posters on International Conferences
    • Yoko Omura and Jun Sese. Subspace Clustering of Gene Expression Data with Prior Knowledge. Genome Informatics Workshop 2009, Yokohama, Dec. 2009.
    • Aika Terada and Jun Sese. Graph Summarization for Finding Relations of Protein Functions. Genome Informatics Workshop 2009, Yokohama, Dec. 2009.
    • Haruna Terai and Jun Sese. Constrained Clustering for Discovering High Binding Affinity Glycan Substructures. Genome Informatics Workshop 2009, Yokohama, Dec. 2009.
    • Mio Seki and Jun Sese. Computational exploration of activated pathways by cell stimulation from expression profiles. Asia Pacific Bioinformatics Conference 2008, Kyoto, Jan. 2008
    • Eriko Mizutani and Jun Sese. GOMA: web-based interpretable Gene Ontology visualization for gene set. Asia Pacific Bioinformatics Conference 2008, Kyoto, Jan. 2008
  • Domestic Magazines and Book Chapters (国内雑誌, 著書)
    • 瀬々 潤. 非階層型クラスタリング—k-平均法、自己組織化マップ(マイクロアレイデータ統計解析プロトコール, 藤淵航, 堀本勝久編. pp 159–167, 2008/5)
    • 瀬々 潤, 池村淑道: ライフサイエンスにおけるデータベース構築のための人材育成 (蛋白質核酸酵素, 2008/1)
    • 瀬々 潤 (増永良文編): 遺伝子間の関連を洗い出すバイオデータマイニング(DBマガジン, 2007/7)
  • Domestic Conference Papers (国内会議論文)
    • Masashi Sugiyama, Takafumi Kanamori, Taiji Suzuki, Shohei Hido, Jun Sese, Ichiro Takeuchi and Liwei Wang. Direct Importance Estimation — A New Versatile Tool for Statistical Pattern Recognition. MIRU2008 (第11回　画像の認識・理解シンポジウム), 軽井沢, 2008. [優秀論文賞]
    • Masashi Sugiyama, Tsuyoshi Ide, Shinichi Nakajima, Jun Sese: Semi-Supervised Local Fisher Discriminant Analysis for Dimensionality Reduction (第10回情報論的学習理論ワークショップ, IBIS2007)
  • Oral Presentations on Domestic Conferences (国内会議口頭発表)
    • 寺井はるな，瀬々潤:  糖鎖認識部位発見のための部分構造制約付きクラスタリング (IPSJ SIGBIO, 札幌, 2009/9)
    • 大村蓉子，瀬々潤: 事前知識を用いた遺伝子発現量の部分空間クラスタリング(IPSJ SIGBIO, 札幌, 2009/9)
    • 寺田愛花，瀬々潤: タンパク質機能間関係グラフの構築(IPSJ SIGBIO,  札幌, 2009/9)
    • 関美緒, 瀬々 潤: COPINE: 共通パターンを持つネットワーク抽出 (DEIM, 静岡, 2009/3)
    • 梅澤香矢乃, 瀬々潤: MARE：遺伝子発現量検索エンジンの構築に関する一考察 (DEIM, 静岡, 2009/3)
    • 寺田愛花, 瀬々 潤: ノード属性を考慮した効率よいグラフのまとめ発見手法 (DEIM, 静岡, 2009/3)
    • 福崎睦美,関美緒, 鹿島久嗣, 瀬々 潤: アイテム集合を付与したグラフからの頻出グラフ発見 (DEIM, 静岡, 2009/3)
    • 水谷絵理子, 瀬々 潤: GOMA:遺伝子発現量の簡便機能解析Webアプリケーション(分子生物学会, 神戸, 2008/12)
    • 大村蓉子, 瀬々 潤: 重複したクラスタを防ぐ Biclustering の拡張(IBIS, 仙台, 2008/11)
    • 寺井はるな, 瀬々 潤: 部分構造に着目した糖鎖反応部位の解析 (分子生物学会, 神戸, 2008/12)
    • 大村蓉子, 瀬々 潤: 重複したクラスタを防ぐ Biclustering の拡張(IBIS, 仙台, 2008/11)
    • 阿部 奈津美, 瀬々 潤: 表現型による遺伝子ネットワーク推定 (SIGBIO, 札幌, 2008/8)
    • 水谷絵理子, 瀬々 潤: GOMA:遺伝子発現量の簡便機能解析Webアプリケーション(SIGBIO, 札幌, 2008/8)
    • 阿部 奈津美, 瀬々 潤: 表現型を利用した遺伝子ネットワーク推定 (第70回情報処理学会全国大会, 筑波, 2008/3/15)
    • 甲藤 恭子, 瀬々 潤: 順位情報を用いた遺伝子発現量情報のクラスタリング (第70回情報処理学会全国大会, 筑波, 2008/3/15)
    • 寺井 はるな, 瀬々 潤: 脳機能画像の解析用フレームワークの作成 (第70回情報処理学会全国大会, 筑波, 2008/3/14)
    • 大村蓉子, 瀬々 潤: 脳機能画像の位置と形状を補正する方法の考察 (第70回情報処理学会全国大会, 筑波, 2008/3/13)
    • 水谷枝理子, 瀬々　潤: GOMA: 複雑な遺伝子オントロジーの分かりやすい表示(第7回オープンバイオ研究会)
    • 関　美緒, 瀬々　潤: 相互作用ネットワーク検索によるパスウエイ情報補完の研究 (第69回情報処理学会全国大会)
    • 水谷枝理子, 瀬々　潤: 遺伝子群の共通機能に着目したGO表示の研究 (第69回情報処理学会全国大会)